Selecting and Filtering Gene Sets

فهرست عناوین اصلی در این پاورپوینت

فهرست عناوین اصلی در این پاورپوینت

● The Tuxedo Protocol
● Tophat
● Using CummeRbund in Atmosphere
● Choose the right image
● Installing cummeRbund in R
● Reading the data in
● Visualizing dispersion
● Squared-coefficient of Variation (SCV)
● Distributions of FPKM scores across samples
● FPKM
Pairwise Scatter Plots
● Saving your Plots
● Selecting and Filtering Gene Sets
● Heat mapping Similar Expression Values
● Expression Plots by Genes

نوع زبان: انگلیسی حجم: 2.76 مگا بایت
نوع فایل: اسلاید پاورپوینت تعداد اسلایدها: 24 صفحه
سطح مطلب: نامشخص پسوند فایل: pptx
گروه موضوعی: زمان استخراج مطلب: 2019/06/14 10:23:02

لینک دانلود رایگان لینک دانلود کمکی

اسلایدهای پاورپوینت مرتبط در پایین صفحه

عبارات مهم استفاده شده در این مطلب

عبارات مهم استفاده شده در این مطلب

gene, ‘, `, cuff, sig, plot, model, ., cuffdiff, explain, siggene,

توجه: این مطلب در تاریخ 2019/06/14 10:23:02 به صورت خودکار از فضای وب آشکار توسط موتور جستجوی پاورپوینت جمع آوری شده است و در صورت اعلام عدم رضایت تهیه کننده ی آن، طبق قوانین سایت از روی وب گاه حذف خواهد شد. این مطلب از وب سایت زیر استخراج شده است و مسئولیت انتشار آن با منبع اصلی است.

https://de.cyverse.org/dl/d/C0294DFD-6FEA-4D45-A1D2-A530F9683E15/RNA_Visualization_CSU_October13.pptx

در صورتی که محتوای فایل ارائه شده با عنوان مطلب سازگار نبود یا مطلب مذکور خلاف قوانین کشور بود لطفا در بخش دیدگاه (در پایین صفحه) به ما اطلاع دهید تا بعد از بررسی در کوتاه ترین زمان نسبت به حدف با اصلاح آن اقدام نماییم. جهت جستجوی پاورپوینت های بیشتر بر روی اینجا کلیک کنید.

عبارات پرتکرار و مهم در این اسلاید عبارتند از: gene, ‘, `, cuff, sig, plot, model, ., cuffdiff, explain, siggene,

مشاهده محتوای متنیِ این اسلاید ppt

مشاهده محتوای متنیِ این اسلاید ppt

rna seq visualization cummrrbund in atmosphere jason williams iplant cold spring harbor laboratory ۱ graphics taken from these publications the tuxedo protocol tophat and cufflinks require a sequenced genome tophat explain reference sequence based ngs read alignments. explain that we are skipping the cufflinks step because the arabidopsis transcriptome is so well annotated that we can use the tair gene models as our refernce transcripts for cuffdiff ۴ tophat outputs in igv using cummerbund in atmosphere explain that we are skipping the cufflinks step because the arabidopsis transcriptome is so well annotated that we can use the tair gene models as our refernce transcripts for cuffdiff ۶ using cummerbund in atmosphere visualize and mine cuffdiff results output files from cuffdiff are reorganized into a local database explain that we are skipping the cufflinks step because the arabidopsis transcriptome is so well annotated that we can use the tair gene models as our refernce transcripts for cuffdiff ۷ choose the right image we will be using rna seq visualization rmi be۹c۲d۱۲ any image w r can work and you could also search for an image with cummerbund installed explain that we are skipping the cufflinks step because the arabidopsis transcriptome is so well annotated that we can use the tair gene models as our refernce transcripts for cuffdiff ۸ installing cummerbund in r installing cummerbund in r reading the data in cuff readcufflinks cuff cuffset instance with ۲ samples ۳۳۷۱۴ genes ۴۳۴۸۱ isoforms ۳۵۱۱۳ tss ۳۲۹۲۴ cds ۳۳۶۲۱ promoters ۳۵۱۱۳ splicing ۲۷۳۵ relcds visualizing dispersion disp dispersionplot genes cuff disp counts vs. dispersion overdispersion greater variability in a data set than would be expected based on a given model in our case extra poisson variation if you use poisson model you will overestimate differential expression visualizing dispersion http www.fgcz.ch education statmethodsexpression ۳ count data analysis.pdf poisson adequately describes technical variation visualizing dispersion squared coefficient of variation scv genes.scv fpkmscvplot genes cuff genes.scv normalized measure of cross replicate variability represents the relationship of the standard deviation to the mean differences in scv can result in lower numbers of differentially expressed genes due to a higher degree of variability between replicate fpkm estimates distributions of fpkm scores across samples dens csdensity genes cuff dens densrep csdensity genes cuff replicates t densrep non parametric estimate of pdf fpkm pairwise scatter plots csscatter genes cuff ‘wt’ ‘hy۵’ smooth t saving your plots ۱. plot type e.g. jpeg png pdf file path and file name ۲. plot function ۳. dev.off png ‘csscatter.png’ will save in working directory csscatter genes cuff ‘wt’ ‘hy۵’ smooth t dev.off selecting and filtering gene sets using the ‘getsig’ function enables you to get genes at significance n sig getsig cuff alpha . ۵ level ‘genes’ genes of significance . ۵ length sig returns the number of genes in the sig object sig getsig cuff alpha level ‘genes’ tail sig ۱ displays the last ۱ genes in the sig object you just made selecting and filtering gene sets using the ‘getgenes’ function get the gene information siggenes getgenes cuff sig plot this in another scatter plot csscatter siggenes ‘wt’ ‘hy۵’ heat mapping similar expression values siggenes getgenes cuff tail sig ۵ last ۵ genes in the list we created of genes csheatmap siggenes cluster ‘both’ heat mapping similar expression values csheatmap siggenes cluster ‘both’ replicates ‘t’ expression plots by genes mygeneid at۵g۴۱۴۷۱ mygene getgene cuff mygeneid mygene expression plots by genes expressionplot mygene replicates ‘t’ …

کلمات کلیدی پرکاربرد در این اسلاید پاورپوینت: gene, ‘, `, cuff, sig, plot, model, ., cuffdiff, explain, siggene,

این فایل پاورپوینت شامل 24 اسلاید و به زبان انگلیسی و حجم آن 2.76 مگا بایت است. نوع قالب فایل pptx بوده که با این لینک قابل دانلود است. این مطلب برگرفته از سایت زیر است و مسئولیت انتشار آن با منبع اصلی می باشد که در تاریخ 2019/06/14 10:23:02 استخراج شده است.

https://de.cyverse.org/dl/d/C0294DFD-6FEA-4D45-A1D2-A530F9683E15/RNA_Visualization_CSU_October13.pptx

  • جهت آموزش های پاورپوینت بر روی اینجا کلیک کنید.
  • جهت دانلود رایگان قالب های حرفه ای پاورپوینت بر روی اینجا کلیک کنید.

رفتن به مشاهده اسلاید در بالای صفحه


پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *